Fueron varios los momentos en que Jovellanos habitó la casa solar gijonesa. Pero el período para el que contamos con mayor información es a partir de 1790. Sus habitaciones privadas estuvieron emplazadas siempre en la torre nueva: de 1790 a 1797, en el segundo piso, en el conocido como cuarto de la torre y, desde 1798 (convertido en mayorazgo de la casa), en el piso principal de la referida torre. Estas piezas coinciden, grosso modo, con las dos salas que el Museo gijonés consagra a la memoria de su ilustre vecino.  

   En el cuarto de la torre, redactó, entre otros, el Informe en el expediente de Ley Agraria (1794), la segunda versión de la Memoria sobre los espectáculos públicos (1795-1796), los Informes mineros, la Oración inaugural y la Noticia del Real Instituto de Náutica y Mineralogía de Gijón (1794); revisó también las Cartas del Viaje de Asturias (cuya redacción inicial es de 1782) y compuso los cuadernos V al IX del Diario, sin olvidar el despacho de una copiosísima correspondencia.  

   Después del breve y accidentado paso por el ministerio de Gracia y Justicia (tomó posesión el 23 de noviembre de 1797 y fue cesado el 15 de agosto siguiente), Jovellanos regresó a Gijón. El 27 de octubre de 1798 ya estaba de vuelta y todo parecía indicar que su alejamiento de la corte iba a ser definitivo. Las habitaciones que don Gaspar ocupó ya como mayorazgo (su hermano Francisco de Paula había fallecido el 4 de agosto de 1798) fueron las del piso principal de la torre nueva (estrado, alcoba y vestidor) y el aledaño cuarto de chimenea que correspondía con el tercio oriental de la sala que el Museo dedica al escultor José María Navascués.  

   Los últimos días de 1799 Jovellanos emprendió la renovación de esta parte de la casa, reformándola y colocando en ella pinturas, dibujos y estampas, así como una parte de su librería que mandó traer de su casa de Madrid. Entre otras pinturas colgaron en estas habitaciones nada menos que cinco goyas: el boceto de la Inmaculada Concepción, de 1784 (hoy en el Museo del Prado), los retratos de sus amigos Juan Agustín Ceán Bermúdez (h. 1780-1783), Juan José Arias de Saavedra (h.1798-1799; propiedad particular ambos) y Francisco de Saavedra (1798; Londres, Courtauld Institute Galleries), así como el primero de los dos que Goya hizo de don Gaspar (h. 1780-1783; colección particular).  

   En la casa ya figuraban por entonces los retratos de don Francisco Gregorio Jove Llanos, su progenitor (desaparecido), y los de sus hermanos: Francisco de Paula, por Ángel Pérez, profesor de dibujo en el «Real Instituto Asturiano» (propiedad particular); don Gregorio (oficial de la Armada, † 1780), Josefa, pintado por Joaquín Inza en Madrid antes de 1774 (Somió, —Gijón— Rvdas. MM. Agustinas Recoletas) y Francisco (Palma de Mallorca, Conde de Cienfuegos). Asimismo, también se encontraban aquí dos retratos juveniles de don Gaspar: uno a pastel, en traje de magistrado y con manguito (h. 1778-1780; Madrid, colección del Marqués de Aledo), y la graciosa estatuilla que le hiciera el escultor sevillano Cristóbal Ramos en 1770. Es este el único retrato original que de Jovellanos posee el «Museo-Casa Natal».  

   Entre los cuadros de su escogida colección, el Museo exhibe una Magdalena penitente (1670) del pintor barroco madrileño Francisco Ignacio Ruiz de la Iglesia, una Virgen con el Niño dormido (h. 1805-1807) del artista mallorquín Francisco Tomás y un Descanso en la huida a Egipto (1806) de fray Manuel Bayeu, cuñado de Francisco Goya, obras ambas pintadas estando Jovellanos prisionero en Bellver.  

   El Museo, entre otros recuerdos de Jovellanos, exhibe además el árbol genealógico familiar (en papel, hacia 1780) y el manto de caballero de Alcántara, orden en la que don Gaspar profesó el 21 de agosto de 1780. Del mobiliario original de la casa, sólo se han podido rescatar dos bargueños barrocos, dos juegos de sillas y un arcón, todos del siglo XVIII. Unas reproducciones fotográficas (debidas a don Rodrigo Fernández Carvajal, h. 1924-1926) dan cuenta de la rica colección de dibujos reunida por Jovellanos durante más de treinta años; ésta, legada por él al «Real Instituto Asturiano», desapareció en el incendio del cuartel de Simancas (Gijón) el 21 de agosto de 1936. También ha dado cabida a retratos póstumos de don Gaspar, entre los que destaca el del gijonés Ignacio Suárez-Llanos (un retrato imaginario pintado en 1864 para la iconoteca del Ayuntamiento) y el boceto en bronce (1888) del monumento urbano de la plaza del Seis de Agosto (Gijón), obra del escultor catalán Manuel Fuxá, de 1891.

   Completa la exhibición de las habitaciones una selección de cuadros de los fondos artísticos del Museo (legado Lledó-Suárez) cuyos estilos, escuelas, géneros y asuntos estuvieron representados en la pinacoteca de don Gaspar Melchor de Jovellanos.